大きなメリットになるのが拡張性・カスタマイズ性が高いということです。
ノート型はデスクトップに比べてCPUやメモリが小型仕様になっていることから、あまり拡張性が高くないのが特徴で購入した段階で全てのスロットが埋まっていることもあります。
増設または交換してメモリの容量を増やすということもできますが、コスト的にも時間的にも無駄が多く、その手間を考えると最初から拡張性の高いものを用意しておいた方が良いと考えられます。
デスクトップはパーツを組み合わせて作られていることから、高性能なパーツに取り替えることでスペックの高いPCにすることもできます。
安価なパーツ同士を組み合わせることもでき、コスト的にも得なことが多いとされています。
モニター・キーボード・マウスが独立してることから、それぞれ自分に合ったものを選べるのもメリットです。
手に馴染むキーボードにしたり、解像度が高いリフレッシュシートを選んだすることができるなど自分に合ったパーツを取り揃えることが可能です。
ノート型は排熱が苦手というデメリットがありますが、デスクトップ型は高性能なファンを設置することができたり、水冷式という水を循環させて温度を下げるタイプも選べます。